白馬井站設于西線高速公路西側、315省道北側新地村一帶，距白馬井城鎮規劃中心約3公里，距洋浦經濟開發區約8公里，距西線高速公路約1公里，為本線中間站。車站中心里程K110+722.840，北距銀灘站28.9公里，南距海頭站32.9公里，車站設到發線4條，按“兩臺夾4線”布置，車站三亞端設綜合維修車間1座。設旅客進、出站地道一座，有站臺柱鋼筋混凝土雨棚。為線側下式站房，站房總建筑面積6000m2。
白馬井站站房以現代建筑元素來營造傳統建筑風貌，人字形屋面由流暢的線條組成，賦予建筑空間予靈動感，彰顯輕盈的海濱城市建筑，正面大面積玻璃幕墻與敦實的柱子，形成強烈的虛實對比，又使整個建筑顯得大氣穩重。站房為鋼筋混凝土框架結構，鋼網架金屬屋面，基礎形式為獨立基礎。